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Adresse : Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires, UMR 5100, Centre National de la Recherche Scientifique et Université Paul Sabatier, 118, route de Narbonne, 31062, Toulouse Cedex 9, France.

Composition :
Roland BARRIOT (MCU Paul Sabatier)
Petra LANGENDIJK-GENEVAUX (IE2 CNRS)
Gwennaele FICHANT (PR1 Paul Sabatier)
Yves QUENTIN (CR CNRS)

Activité scientifique : De nombreuses fonctions biologiques nécessitent la participation coordonnée de plusieurs partenaires protéiques sous la forme d'un assemblage macromoléculaire (appelé système intégré) permanent ou sous forme de contacts épisodiques. La thématique de l'équipe est centrée sur l'identification, la reconstruction et l'analyse de ces assemblages dans les génomes bactériens complètement séquencés, au moyen d'approches bio-informatiques. Nous nous intéressons plus particulièrement aux systèmes bactériens constitués de protéines appartenant à des familles multigéniques et impliqués dans les échanges de la bactérie avec le milieu extérieur. L'obtention des répertoires de ces différents systèmes et leur comparaison entre les différents organismes permettent d'aborder les questions liées à l'évolution de ces systèmes et à leur implication dans l'adaptation de la bactérie à son environnement. Nos modèles d’études incluent la transformation génétique naturelle qui est présente chez de nombreuses espèces bactériennes (collaboration P. Polard), le métabolisme de l’ARN chez les Archaea et les Enterobacteria (collaboration B. Clouet-d'Orval et A.J. Carpousis) et les séquences répétées de type REP chez les Archaea et les Bacteria (collaboration B. Ton-Hoang et M. Chandler). Nous nous intéressons également à la dynamique des interactions entre entités biologiques et nous initions dans ce contexte des approches de biologie des systèmes. Notre modèle d’étude est la modélisation des voies de régulations de la transformation génétique chez les streptocoques (collaboration P. Polard).  Dans le cadre du GDR, nous développons des méthodes d’identification ab initio et des méthodes d’annotation des REP dans les génomes complets. Nous travaillons également à des méthodes de reconstruction d’états ancêtres afin de modéliser les flux des REP au cours de l’évolution à différentes échelles évolutives. L’objectif de cette étude est de mieux comprendre les processus moléculaires impliqués dans l’interaction des éléments mobiles avec leur génome hôte au cours de l’évolution.


Team leader