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Adresse: LCB, UMR7283 CNRS - Aix Marseille Université, 31 Chemin J. Aiguier 13009 Marseille.

Composition:
- Emmanuel TALLA (MCU Aix-Marseille)
- Sébastien TEMPEL (MCU Aix-Marseille)

Activité scientifique: Les activités de recherche de l'équipe s'articulent essentiellement autour de l'analyse comparative et fonctionnelle de génomes et des systèmes biologiques, mais également le développement des outils nécessaires à ces analyses. Dans ce contexte, l'équipe GEB s'intéresse aux éléments répétés. Ces derniers sont présents dans tous les génomes étudiés et peuvent représenter une part importante de certains génomes. De plus, les éléments répétés conservés à travers les génomes acquièrent souvent des fonctions particulières (régulateur transcriptionnel et traductionnel, exonisation, …) pour le génome hôte. Bien que les éléments répétés possèdent de nombreux rôles fonctionnels, il existe très peu d'outils bioinformatiques permettant de les détecter et de les analyser. Au sein du GDR, l'équipe se propose de développer les outils bioinformatiques (ex. VisualTE (interface d'analyse), ModuleOrganizer (outil de détection des répétitions via les arbres de suffixes)) indispensables et nécessaires à l'analyse fonctionnelle des éléments répétés. L'analyse comparative (à l'échelle inter- ou intra-génomique) permettra d'observer le rôle de ces éléments dans la plasticité de ces génomes. L'étude de l'action régulatrice des répétitions à proximité des gènes ou des ARNs non-codants est également entreprise via les méthodes de fouilles de données ou des méthodes d'apprentissage.


Team leader

emmanuel TALLA

Team leader
0491164508